Flora
El paisaje original ha sufrido algunas alteraciones por la presencia de distintas culturas. Antiguamente las culturas precolombinas respetaban y convivían con la naturaleza. En esa armonía ecológica, todavía sobreviven especies nativas importantes como: el ñucchu (oppositiflora de Salvia), mora de la yerba o ccaya-ccaya (nigrum de Solanum), lengua de vaca o llaque (crispus de Rumex), llantén masculino o kallo del waqa (hirtella de Plantago),etc.
Fauna
Alguno de los animales que habitan en Machu Picchu, especialmente interesantes por sus adaptaciones al medio, son todavía abundantes, como el pato de torrentes o el mirlo acuático.
Otras son sumamente raras o se encuentran en grave peligro de extinción, como el oso andino, el gallito de las rocas, el venado enano, la paca, la boa esmeralda, una infinidad de exóticas mariposas, los tigrillos, el raro yaguarundi, entre otros.
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